南口では正面に都営新宿線、京王新線の改札口があり、右手に大江戸線新宿駅の改札口がある。この間を斜め右に進み甲州街道に沿った地下連絡通路に入る。

都営新宿線、京王新線の改札口の近くに新宿駅南口への出口と南口出口に隣接した出口２があるので、出口２を出ると甲州街道に沿った新宿サザンデッキのすぐ南側に出る。