伝説によると第18代の反正天皇の御代（1600年程前）の御創建といわれています。浪花の津(大阪湾)に黄色い船に乗った女の神様が現れ、「われは玉依姫なり、この船の留まるところに社殿を建てて、そこの神様を大事にお祀りすれば国土を潤し、庶民に福運を与えん」とのお告げがあり、その船は淀川、鴨川をさかのぼって水源の地・奥宮辺りの川のそばから水の湧き出るところに船を留め、そこに御社殿を建てたと伝えられています。（貴船神社HPより抜粋）

以来貴船神社は水の神様として、また縁結びの神様としてあがめられている。