細殿より更に進むと楼門があり、楼門の内部には権殿、本殿がある。

上賀茂神社の祭神は、玉依姫が今、上賀茂神社の境内を流れている御手洗川で川遊びをしていると、川上から白羽の矢一本流れてきた。これを持ち帰って床に挿して置いたところ、遂に感じて男子を産む。のち男児天にむかって祭りをなし屋根を穿って天に昇る。別雷神とたたえ、祀る神社を賀茂別雷神社（かもわけいかづちじんじゃ）という。

京都でも最も古い神社の一つで、五穀豊穣の神の雷神を祭ることから庶民の信仰を集めた。謡曲「賀茂」はこの縁起を叙べて、五穀豊穣国土守護の神徳を讃えた曲である。弘仁元年（８１０年）には斎院の制が施され、歴代皇女が斎院となったこともある。（京都謡曲史跡保存会掲示より）